Sejarah Program Studi D4 Teknik Otomasi berawal dari periode tahun 2023, yang mana Kementerian Energi dan Sumber Daya Mineral pada Tahun 2019 menerbitkan Kebijakan Nasional Energi Baru Terbarukan dan Konservasi Energi “Energy Trilemma”. Selaras dengan Kebijakan Nasional tersebut, Politeknik Perkapalan Negeri Surabaya (PPNS) berusaha berkontribusi dalam menghasilkan sumber daya manusia yang kompeten dalam teknologi terapan terkait, dengan mengajukan program studi baru yaitu, : Program Studi Diploma 4 Teknologi Rekayasa Energi Berkelanjutan (Sustainable Energy Engineering Technology).
Prodi Teknologi Rekayasa Energi Berkelanjutan membuka penerimaan mahasiswa baru pertama kali di tahun 2023 untuk satu kelas (21 Mahasiswa). Namun di tahun berikutnya prodi ini memperbanyak daya tampungnya menjadi 2 kelas (55 Siswa). Program studi D4 Teknologi Rekayasa Energi Berkelanjutan ini mendapat SK Pendirian yang dikeluarkan oleh Keputusan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Nomor 77/D/OT/2023. Program Studi Teknologi Rekayasa Energi Berkelanjutan merupakan bagian dari jurusan Teknik Permesinan Kapal (TPK) di PPNS. Saat ini Kepala Program Studi D4 Teknik Otomasi dijabat oleh Bapak Dr. Eng. Muhammad Anis Mustaghfirin, ST.,MT. Sementara itu Kepala Jurusan dijabat oleh Bapak Dr. Priyo Agus Setiawan , ST.,MT.